قرارگاه خاتم الانبیاء (ص) به عنوان پایگاه مرکزی عملیات کربلای ۵ انتخاب شده بود و قرارگاه‌های کربلا، نجف و قدس هم در کنار این قرارگاه، مسئولیت راهنمایی و ساماندهی نیروها در جریان عملیات را بر عهده داشتند. براساس شواهد موجود و اظهارات فرماندهان، مهم‌ترین هدف تعریف شده برای گردان‌ها تثبیت موقعیت ایران در شلمچه بود. نیروهایی که در محورهای مختلف عملیاتی به سوی شلمچه در حرکت بودند، صبح به منطقه هفت دهنه رسیدند. غافلگیری رژیم بعث از این حمله نظامی عیان بود، یگان‌های پراکنده در بخش‌های مختلف با عجله به سمت شلمچه روانه شدند اما در جلوگیری از الحاق نیروها در دهنه کانال پرورش ماهی ناکام ماندند. روز دوم عملیات تبادل آتش و پاتک‌های سنگین بین نیروهای ایرانی و عراقی ادامه یافت اما مقاومت رزمندگان ایران، اجازه موفقیت به نیروهای را عراق نداد.

در شب سوم عملیات، پل بوبیان، بخشی از جاده آسفالته در جنوب کانال پرورش ماهی، پل دوم و نیز مواضع هلالی شکل نوک کانال به تصرف نیروهای قرارگاه کربلا درآمدند. نیروهای قرارگاه نجف نیز ضمن تصرف سومین موضع هلالی شکل، روی دژ مرزی پیشروی کردند. همچنین نیروهای قرارگاه قدس حرکت خود را در شرق نهر دوعیجی آغاز کرده و ضمن پاکسازی مواضع هلالی شکل سوم و چهارم، به جاده شلمچه دست یافتند. در ۲ روز نخست عملیات شدت غافلگیری دشمن به اندازه ای بود که بصره توپ باران شد و بسیاری از استحکامات عراق یا نابود شد یا به تصرف ایران درآمد.

نبرد در روز پنج عملیات شدیدتر شد گرچه پیشروی نیروهای ایرانی، آهسته و محدود اما تاثیرگذار بود، به گونه ای که در این روز، عراقی‌ها کانال جاسم را تخلیه کردند. نیروی هوایی عراق که بازوی اصلی صدام در پیشروی بود؛ این بار با موشک‌های پرتاب شده از سوی جمهوری اسلامی کارایی پیشین خود را از دست داد و دیکتاتور عراق روزهای عملیات کربلای ۵، عصبانی‌ترین رهبر جهان بود و اخراج و تنزیل درجه و اعدام فرماندهانش نشانه های این عصبانیت.

یک ماه پس از آغاز عملیات کربلای ۵، بسیاری از اهداف عملیات محقق شد و نیروهای نظامی ایران در مناطق دریاچه‌ پرورش ماهی، جزیره‌های ام‌الطویل، رودخانه جاسم و کانال آبیاری، مستقر بودند. هدف اصلی رسیدن به بصره بود این هدف بغداد و متحدان شرقی و غربی را به وحشت انداخته بود. شدت حملات به نیروهای ایرانی افزایش قابل توجه یافت و در بحبوبه این عملیات، ایران یکی از مهم ترین و نامدارترین سرداران خود شهید حسین خرازی را از دست داد.

در این عملیات بیش‌ از ۴۰ فروند هواپیما و هلیکوپتر، ۸۰۰ دستگاه‌ تانک‌ و نفربر، ۱۸۰ قبضه‌ توپ‌ صحرایی‌ و ضدهوایی، صدها قبضه‌ انواع‌ ادوات‌ نیمه‌ سنگین، ۱۰۰۰ دستگاه‌ خودرو و مقدار زیادی‌ سلاح‌ سبک‌ و مهمات‌ دشمن‌ منهدم‌ شد. همچنین‌، ‌۸۱ تیپ‌ و گردان‌ مستقل‌ دشمن‌ منهدم‌ و ۳۴ تیپ‌ و گردان‌ نیز آسیب‌ کلی‌ دید. علاوه‌ بر آن‌ ۲۲۰ دستگاه‌ تانک‌ و نفربر، ۵۰۰ دستگاه‌ خودرو، ۸۵ قبضه‌ انواع‌ توپ، هزاران‌ قبضه‌ سلاح‌های‌ سبک‌ و سنگین‌ و مقدار زیادی‌ مهمات‌ نیز به‌ غنیمت‌ نیروهای‌ خودی‌ درآمد. ‌۱۳۲ تیپ زرهی، مکانیزه، نیروی مخصوص و پیاده ای که وارد منطقه شده بودند؛ ‌۵۵ تیپ زرهی، مکانیزه، نیروی مخصوص و پیاده به طور کامل منهدم شدند، ۶۷ تیپ به شدت آسیب دید.

سرعت خیره کننده رزمندگان در حمله به دشمن، سامان دهی عبور نیروها از مناطقی بسیار دشوار با وجود حملات سنگین دشمن، همراهی و هماهنگی و انعطاف پذیری تمام نیروهای حاضر در این عملیات از مهم ترین دلایل موفقیت آن در بسیاری از منابع نظامی و خاطرات فرماندهان است.